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    大人気スクールマギクス!!

    西暦2095年――魔法が現実の技術として確立し、魔法師の育成が国策となった時代。
    入学するだけでエリートともいえる国立魔法大学付属第一高校・通称「魔法科高校」に対照的な兄妹が入学する。妹・司波深雪は主席入学を果たし、優等生である一科生・通称「花冠(ブルーム)」として。ある欠陥を抱える兄・司波達也は、落ちこぼれの二科生・通称「雑草(ウィード)」として。
    共に想い合う二人の兄弟はこの『魔法科高校』で様々な人物と出会い、そして波乱の日々を歩んでゆくこととなる――。

    2045第三次世界大戦勃発
    2046国際魔法協会の設立
    2065二十年の長きに続く世界大戦が終結する
    2086達也が深雪のガーディアンとなる
    2092.8.11大亜細亜連合による日本・沖縄への侵攻(沖縄海戦)。達也が敵艦隊を戦略級魔法「マテリアル・バースト」で撃退。
    2092国防陸軍第101旅団・独立魔装大隊設立。

    入学編

    2095.4.3達也と深雪が国立魔法大学付属第一高校に入学。
    2095.4.5生徒会長・七草真由美との出会いから、深雪は生徒会書記に、達也は風紀委員となる。
    2095.4.23学内の差別撤回を目指す有志同盟と生徒会による討論会が開催。その最中テロリストが乱入するが、第一高校の生徒により鎮圧される。
    2095.4.23反魔法国際政治団体・ブランシュの日本支部を達也たちが壊滅させる。

    九校戦編

    2095.7一学期定期試験
    2095.7.14九校戦のCAD調整を行う技術スタッフに達也の参加が決定。
    2095.7下旬トーラス・シルバーが飛行魔法を公表。
    2095.8.1九校戦の懇親会が開かれる。
    2095.8.3~12九校戦開催。無頭竜(ノー・ヘッド・ドラゴン)の妨害工作が発生するが、第一高校が優勝を収める。

    横浜騒乱編

    2095.10.3新生徒会発足。深雪が副会長に。
    2095.10.10市原鈴音が達也を全国高校生魔法学論文コンペティションのメンバーに勧誘。
    2095.10.30全国高校生魔法学論文コンペティション開催。同日、大亜細亜連合が横浜へ侵攻(横浜事変)。
    2095.10.31大亜細亜連合の鎮海軍港へ、達也がマテリアル・バーストを放ち艦隊を消滅させる。この事件は後に灼熱のハロウィンと呼ばれることとなる。