西暦2095年――魔法が現実の技術として確立し、魔法師の育成が国策となった時代。
入学するだけでエリートともいえる国立魔法大学付属第一高校・通称「魔法科高校」に対照的な兄妹が入学する。妹・司波深雪は主席入学を果たし、優等生である一科生・通称「花冠（ブルーム）」として。ある欠陥を抱える兄・司波達也は、落ちこぼれの二科生・通称「雑草（ウィード）」として。
共に想い合う二人の兄妹はこの『魔法科高校』で様々な人物と出会い、そして波乱の日々を歩んでゆくこととなる――。